Việt Nam thời Nguyễn vẫn là một quốc gia dựa trên căn bản là nông nghiệp. Vấn đề trị thủy càng hệ trọng hơn nữa do các con sông lớn không có thủy chế điều hòa. Đối với nạn nước lụt và nạn triều biển cần phải đắp đê. Từ các triều đại trước đều đã thực hiện. Đến thời nhà Nguyễn cũng vậy, trị thủy và thủy lợi là công việc được quan tâm hàng đầu trong suốt thời gian tồn tại của triều đại này.

Vua Gia Long vừa lên ngôi đã quan tâm đến vấn đề đê điều và cho người tu bổ đê cũ, đắp thêm đê mới. Năm 1809, ông lại cho đặt ra Bắc Thành đê chánh và các chức Tổng lý và Tham lý đê chánh để lo vấn đề đê điều ở các trấn xứ Bắc Kỳ. Tới năm 1828, theo đề nghị của các quan, vua Minh Mạng cho cho tăng cường thêm nhân sự cho nha môn đê chánh nhưng tới 1833 thì bỏ nha này đi để chuyên ủy việc đê điều cho các Đốc biện tại các tỉnh.

Việc đắp đê, sửa chữa và khám xét được quy định tỉ mỉ. Thời Tự Đức nhiều lần đã xác định lại cách thưởng phạt về sự phòng hộ đê và phân định trách nhiệm của các phủ, huyện, tổng, lý sở tại các nơi đê vỡ[17].

Năm 1809, hệ thống đê điều ở Bắc Thành tổng cộng là 239.933 trượng tương đương 960 km[17]. Đến hết thời Gia Long, hơn 47 km đê điều đã được tu sửa. Và sau 21 năm dưới thời nhà Nguyễn, chiều dài các con đê ở Bắc Kỳ đã tăng lên 303.616 trượng tương đương 1.215 km. Tới cuối thế kỷ 19 thì hệ thống đê này đã dài tới 2.400 km[17].

Mặc dù triều đình dành rất nhiều quan tâm nhiều tới việc trị thủy như vậy nhưng vấn đề này vẫn không được giải quyết mỹ mãn như mong đợi. Do nhiều nguyên nhân khác nhau, như thiếu sự phối hợp đồng bộ và quy hoạch chung giữa các địa phương, do tác động của môi trường, sinh thái,... các đê đắp lên cứ vỡ liên miên. Đặc biệt là ở sông Hồng, vì đất bồi nên lòng sông giữa hai con đê cao hơn mặt đất, mỗi khi nước lớn thì đê không tài nào cản nổi. Triều đình phân vân trong 3 cách: giữ đê, phá đê và đào thêm sông. Ngay từ thời Minh Mạng, nhà vua đã nhiều lần hội nghị về việc này, khi thì hỏi quan địa phương, lúc lại hỏi đình thần nhưng người thì bàn phá đê, người lại chủ trương đào sông mới, ý kiến bất đồng quá nhiều tới nỗi thời 2 vua Thiệu Trị và Tự Đức phải treo bảng khắp nơi để trưng cầu dân ý.

Năm 1833, theo lệnh nhà vua, vị Tổng đốc Nam Định là Đặng Văn Thiêm đi khám xét đê điều đã tâu lên Minh Mạng chủ trương "...Sửa đắp đê mới hay đê cũ, công trình nặng nhọc, phí tổn công khố cũng nhiều, thế mà khó nói trước có giữ được chắc chắn hay không. Nếu đổi ra làm việc khai sông... như vậy không những bớt được chút phí tổn mà lại có thể phân được thế nước và bớt được sự xô mạnh dồn xuống." Vua Minh Mạng ra lệnh đình chỉ việc đắp đê để chờ xem tình hình ra sao rồi mới bàn định lại. Tuy nhiên năm 1834, vua sai Giám thành Phó sứ là Trương Viết Sùy kiểm tra lại thì ông này cho rằng "không thể bỏ đê được".

Năm 1852, vua Tự Đức lại tiếp tục mở cuộc trưng cầu ý kiến về việc phòng đê ở Bắc Kỳ, các ý kiến lại một lần nữa chia thành 2 phái: giữ đê và bỏ đê. Nhóm chủ trương cứ đắp đê các sông lớn, bỏ đê sông con và sông nhỏ có Nguyễn Duy Cần, Nguyễn Soạn, Nguyễn Văn Tĩnh, Nguyễn Cẩm, Bạch Tự Cường..., nhóm chủ trương giữ đê có Đặng Văn Hòa, Trương Văn Uyển, Ngụy Khắc Tuần, Nguyễn Khắc Hoan, Nguyễn Văn Siêu, Bùi Quỹ... Đến năm 1872, các tỉnh Bắc Kỳ đều điều trần về việc đê điều nhưng vẫn tiếp tục có ý kiến khác nhau. Những bài điều trần này đã được đóng thành từng tập dày như Đê chính tập hay Đê chính tân luận. Do việc bất đồng kéo dài nên triều đình vẫn phải giữ đê mà đê vẫn tiếp tục vỡ[18].

Sử sách ghi nhận trong hơn 50 năm từ 1802-1858, cả nước có 38 lần mưa bão gây lụt lội lớn, trong đó những lần vỡ đê vào các năm 1803, 1804, 1806, 1819, 1828, 1833, 1840, 1842, 1847, 1856, 1857 làm gần như toàn bộ Bắc Bộ bị lụt, mất mùa và đói kém[19].